De Lineu até hoje, os recursos dos sistematas para a escolha de novos critérios de classificação das espécies evoluíram bastante. Alguns desses recursos são as novas técnicas de microscopia ópitca, a microscopia eletrônica, a análise bioquímica e, especialmente, a decifração das sequências dos nucleotídeos (DNA) que constituem os genes; neste, foi importante o papel dos computadores, que processam milhões de proteínas, o chamado proteoma, de uma determinada espécie.
Nessa nova área de pesquisa (genoma-proteoma), surgiu a possibilidade de comparar a sequência de nucleotídeos e, portanto, dos aminoácidos das proteínas especialmente das enzimas, que ocorrem em diferentes espécies. Muitas dessas moléculas são iguais em diferentes organismos, indicando que em algum ponto remoto ou recente, de suas evoluções, eles tiveram ancestrais comuns.
Hoje a tendência é a sistemática molecular, baseada no estudo comparativo das moléculas (DNA, RENA e proteínas) presentes nos mais diferentes organismos.
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