O difícil acesso protegeu até recentemente o Pantanal do impacto humano, e somente nas últimas décadas este começou a ser explorado por caçadores de peles de ariranha e de jacaré. Hoje em dia, a caça ilegal e o contrabando de peles de jacaré estão, de maneira geral, sob controle, e as fazendas de criação de jacarés estão se multiplicando. A caça desordenada dos veados, das capivaras e dos baguás, animais considerados transmissores de doenças, das aves piscívoras e granívoras, das cobras e das onças, constitui perigo direto para a diversidade biológica regional.
A pesca comercial do Pantanal tornou-se um problema ambiental sério, com a chegada dos barcos e dos caminhões frigoríficos. Até a pesca esportiva, cada vez mais intensa, precisa de fiscalização severa. Este é o caso principalmente nos meses da piracema, quando as fêmeas sobem os rios até as cabeceiras, tornando-se presas fáceis. Existem cotas individuais por pescador amador, porém o número de pescadores turistas aumenta com a crescente facilidade de acesso ao Pantanal.
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